Toma su nombre del monasterio fundado en Sakya en el suroeste del Tíbet en 1073 por Könchok Gyalpo del clan Khön. Desde su época, el liderazgo de la tradición ha permanecido dentro de la misma familia.
A Könchok Gyalpo le siguió su hijo Sachen Kunga Nyingpo, el primero de los cinco 'gongmas' (maestros venerables), a quien a su vez le sucedieron Sonam Tsemo, Drakpa Gyaltsen, Sakya Pandita y Chogyal Phakpa, este último, maestro de Kublai Khan.
Los cinco lamas fundadores dieron a la tradición su forma distintiva, siendo Sakya Pandita particularmente conocido en todo el Tíbet y más allá por la profundidad de su conocimiento y maestría de todas las enseñanzas. Fue también fundamental en la preservación de la eficacia del dharma al aclarar los malentendidos que surgieron durante la historia temprana del budismo en el Tíbet. El actual Sakya Trizin es descendiente directo de estos "gongmas".
La más importante de las transmisiones tántricas que la escuela Sakya ha preservado es el Hevajra Tantra con sus instrucciones asociadas conocidas como el Camino y su Fruto, que había sido desarrollado por el yogui indio del siglo IX, Virupa. Otras transmisiones clave que forman parte de las enseñanzas Sakya incluyen los ciclos de Vajrayogini, Vajrakilaya, Mahakala y Guhyasamaja.
A lo largo de los siglos, numerosos hombres y mujeres han logrado una gran realización a través del estudio y la práctica de las enseñanzas conservadas dentro de la tradición Sakya.